Na místě románského kostelíka (z roku 995) byl postaven Arnoštěm z Pardubic gotický kostel, který byl přestavěný barokně v letech 1670-79 italským stavitelem P. Spinettim, věž přistavěna roku 1727. Jednolodní kostel s trojbokým presbytářem a s věží na jihozápadní straně. Původní stavba farního kostela Nejsvětější Trojice v Chýnově pochází z druhé poloviny 14. století (základy presbyteria), tehdy již po správní stránce fungoval děkanát Chýnov.


První doložitelná zmínka o stavbě samé 1250 (listina krále Václava I.). Vzhledem ke stáří obce (první zmínky 11. století – knížecí a správní hradiště, Kosmas: 981) na tomto místě pravděpodobná starší stavba. Od roku 1623 ve vlastnictví Eggenberků. V letech 1667-70 celý kostel radikálně přestavěn (architektonický návrh: Ital Pietro Spinetti) a povýšen na kostel děkanský (1670). Další úpravy do r. 1679. Drobnější úpravy v 10. letech 18. století za účasti Pavla Ignáce Bayera. Roku 1727 k lodi přistavěna hranolová věž. Roku 1898 provedena oprava vnitřních omítek (dle archivních dokladů otlučeny do výše 3-5 m, zdivo natřeno asfaltem a nově nahozeno), zbudován systém odvodnění podél zdí, secesní výmalba a výměna podlahy. Novodobá celková oprava (včetně výměny oken) 1927-1930. V l. 1964-67 výměna střešní krytiny a oprava fasád. Výměna oplechování kostelní báně r. 2000. Výměna střešní krytina a oprava krovu 2002. Hřbitov okolo kostela byl rozšířen roku 1774 do části děkanské zahrady. Od r. 1889 aktivní hřbitov přemístěn.


Orientovaný kostel Nejsvětější Trojice se nachází ve středu města, na jihozápadním okraji náměstí, ve funkčně komunikační ose se zámkem, nedaleko hlavního silničního tahu Tábor-Pelhřimov. Kostel zbudován na výrazném návrší, krajinná dominanta. Je obklopen nepoužívaným hřbitovem se zděnou ohradní zdí.


Obdélný jednolodní kostel s věží přistavěnou po jižní straně (západní část) a předsíní s trojuhelným štítem při západním průčelí má polygonální presbytář lehce vychýlen z osy stavby (což dokládá jeho starší původ). Věž s oblými nárožími, přisedlými vertikálními pilastry s náznaky hlavic, horizontálními nepříliš zvýrazněnými římsami (rozdělující fasádu věže do tří vpadlých polí) a cibulovou bání krytou měděným plechem. Vstup do šnekového levotočivého schodiště vedoucího na věž, na kruchtu a do krovu (přisazeno k západní straně věže): dveře se zdobnou výplní, oplechované měděným plechem z konce 20. let 20. století. Ve vnějším plášti podvěží hluboká nika osazená zdobným zábradlím (19. století) a terakotovým reliéfem z dílny Františka Bílka.


V západní části podvěží do fasády vsazen kamenný náhrobník z r. 1677 („Rosina de Sternfeld“). Strmá střecha kryta prejzem (v době reidentifikační návštěvy strháván a nahrazován betonovou krytinou Bramac). Západní trojosé průčelí ze 17. století s vysokým štítem členěným horizontálními římsami krytými prejzem, mělkými pilastry a postranními volutami a kamennými jehlany. Průčelí zakončeno vysokým trojúhelným dvojstupňovým štítem. V zadní straně štítu patrný větší montážní otvor a menší otvory po kladkové konstrukci (pro materiál na krov). Po stranách vrchní trojúhelníkové části průčelí protějškově osazeny drobné kamenné koule. V dolní části v úrovni oken tři prázdné niky. Hlavní vstup kazetovými v západním průčelí, za druhotně přistavěnou předsíní, krytou prejzem, a to dveřmi se vpadlými výplněmi lemovanými v rozích rozšířenými profilovanými lištami (závěsy – 1. pol. 20. století, kování - 19. století).


Vedlejší vchod v severní stěně jednoduchými dveřmi se vpalými výplněmi bez ozdob, není používán. Obdélné okenní otvory do lodě a presbyteria omítnuté, okna vpadlá, krytá pletivem. Na západní straně presbyteria slepý okenní otvor, na jižní straně okenní otvor zčásti zakrytý přístavbou sakristie s oratoří. Nad sakristií při jižní straně presbyteria oratoř, k níž vede vnější dřevěné schodiště se zděnou podezdívkou a masivním zděným zábradlím, kryté stříškou. Kazetové dveře na oratoř z 19. století zasazené do jednoduchého kamenného ostění. Obdobný typ ostění u jižního i západního okna oratoře. V jižní stěně schodiště kované dveře s kosými překrývajícími se pásy a vystupujícími nýty a dva kamenné náhrobníky z r. 1660 (Daniel Adalbert Schwehla) a starší poškozený b.d. V severní stěně presbyteria zazděn gotický kamenný článek vystupující z fasády.