Zločin v dívčí škole (1965) - Detektivní triptych, natočený na motivy detektivních povídek Josefa Škvoreckého, s poručíkem Borůvkou v podání Lubomíra Lipského. Menzel se podílel na režii spolu s Ladislavem Rychmanem a Ivo Novákem, režíroval povídku Smrt pana Baltazara.
Perličky na dně (1965) - Adaptace pěti povídek Bohumila Hrabala, které spolu s Menzelem zfilmovali Jan Němec, Evald Schorm, Věra Chytilová a Jaromil Jireš. Film je označován za programový manifest československé nové vlny, jejíž poetika souzněla s Hrabalem v odmítání tradičních postupů.
Ostře sledované vlaky (1966) - Menzelův první celovečerní film podle stejnojmenné Hrabalovy novely, který získal v roce 1968 Oscara za nejlepší neanglicky mluvený film. Za tuto válečnou tragikomedii obdržel Menzel i řadu dalších cen. V hlavní roli mladičkého železničáře Miloše Hrmy se představil Václav Neckář.
Rozmarné léto (1967) - Atmosféra snímku, natočeného podle stejnojmenné předlohy Vladislava Vančury, souzní s předlohou. Květnatý archaický jazyk, kvůli kterému byla předloha pokládána na nezfilmovatelnou, Menzel citlivě vyvážil záběry, v nichž se takřka nic neděje, ale „hraje“ v nich hladina řeky, déšť či zmoklé sklenice na stole. Nalezl zde křehkou rovnováhu mezi humorem a poezií a sám tu ztvárnil kouzelníka Arnoštka.
Zločin v šantánu (1968) - Na této méně známé Menzelově hudební komedii podle předlohy Josefa Škvoreckého se podíleli herci a zpěváci divadla Semafor, na scénáři spolupracoval Jiří Suchý.
Skřivánci na niti (1969) - Další film podle Hrabalových povídek, skončil v trezoru pro svou kritiku komunistické zvůle a k divákům se dostal až po změně režimu - a 21 let po svém vzniku získal na festivalu Berlinale Zlatého medvěda. Hlavní roli opět ztvárnil Václav Neckář.
Kdo hledá zlaté dno (1974) - Normalizační titul o stavbě elektrárny natočil Menzel na Dalešické přehradě.
Na samotě u lesa (1976) - První z Menzelových úspěšných komedií, na kterých spolupracoval se Zdeňkem Svěrákem, vyznačuje se osobitým inteligentním humorem. Na scénáři tohoto filmu o rodině, která získá s chalupou i svérázného dědu, spolupracoval i Ladislav Smoljak.
Báječní muži s klikou (1978) - Méně známý titul o počátcích české kinematografie, natočený podle němého filmu Dostaveníčko ve mlýnici
Postřižiny (1980) - Poetická komedie podle novely Bohumila Hrabala nabízí nostalgickou vzpomínku na prvorepublikovou idylku nesenou na křídlech autobiografického rozjímání. V roli paní sládkové se objevila Magda Vášáryová a v roli hlučného strýce Pepina Jaromír Hanzlík. Na přepisu do podoby filmového scénáře se vedle Menzela podílel sám spisovatel.
Slavnosti sněženek (1983) - Nezapomenutelný spor dvou mysliveckých spolků nad zastřeleným kancem zachycuje další Menzelova komedie podle podle povídek Bohumila Hrabala. Spisovatel ve filmu sám hraje epizodní roli.
Vesničko má středisková (1985) - Další oblíbená Menzelova komedie podle scénáře Zdeňka Svěráka si vysloužila nominaci na Oscara. Hlavní role svérázných obyvatel jedné vesničky ztvárnili Marián Labuda a maďarský herec János Bán.
Konec starých časů (1989) - Úsměvné vyprávění podle předlohy Vladislava Vančury z dob prvních let samostatné republiky, v hlavní roli knížete Megalrogova se představil Josef Abrhám.
Žebrácká opera (1991) - Adaptace stejnojmenné divadelní hry Václava Havla, kterou Menzel režíroval v roce 1990 na jevišti Činoherního klubu.
Život a neobyčejná dobrodružství vojáka Ivana Čonkina (1993) - Další snímek podle scénáře Zdeňka Svěráka získal v roce 1994 na filmovém festivalu v Benátkách zvláštní cenu - zlatou medaili předsedy italského Senátu.
Obsluhoval jsem anglického krále (2006) - Další hrabalovský titul, který měl ohlas i v zahraničí. Předcházelo mu osm let sporů o práva na natočení slavného románu, korunovaných proslulou scénou s „Menzelovým proutkem“. Tím rozhořčený režisér veřejně sešvihal producenta Jiřího Sirotka na filmovém festivalu v Karlových Varech v roce 1998.
Donšajni (2013) - Poslední Menzelův film, „prostopášná komedie o vášni k životu, hudbě a k ženám“.
